Tutti quesiti a cui si può dare una risposta, però lo facco solo a pagamento.
Va be', per questa volta sono buono e lo faccio
a gratis.
1 - Se non ottieni alcun messaggio di errore dovrebbe esere tutto a posto (non so poi quanto affidabile sia quel sistema, avendo letto nella discussione apposita che ogni tanto fornisce dati sui generis).
2 - Non credo che il sistema rilevi la fase del segnale in relazione a quella che esce dal pre, ma è molto più probabile che rilevi la fase dei vari diffusori prendendone uno come riferimento.
Se
tutti i diffusori hanno la fase invertita non dovrebbe rilevare alcuna anomalia. (1)
3 - Nel caso che effettivamente capiti questo devi semplicemente capovolgere il sub.

Ovviamente scherzo, la prima cosa da provare sarebbe quella di utilizzare la regolazione delle fase presente sul sub, non è detto che la devi posizionare su 180°, poichè quella del segnale che arriva al posto di ascolto avrà comunque subito variazioni.
E' una regolazione che comunque dovresti fare, a meno che non la faccia già il sistema automaticamente.
In teoria questa regolazione dovrebbe andare ad influire sulla fase della frequenza di incrocio e non sulla fase assoluta del segnale del sub, per cui potrebbe non essere sufficiente, non resta che provare.
La soluzione tecnicamente più esatta, a questo punto, sarebbe quella di cambiare il collegamento di tutti i cavi, basta invertire le connessioni tra 2 e 3
in un solo dei due connettori.
Se i connettori non sono stampati, ma non lo dovrebbero essere, la cosa non richiede grande impegno, però bisogna saper fare una saldatura. (un amico ?).
Ciao
(1) - Tralasciamo qui discussioni filosofiche sull'importanza o meno della fase assoluta nella riproduzione audio.