Premetto che per maggiori informazioni, ed evitare di andare ot, conviene leggere la discussione sull'Audissey.
Il primo punto deve coincidere con la posizione d'ascolto perchè è su quello che vengono fatte le calibrazioni dei diffusori (distanze, volumi, Hz di crossover); il manuale del denon lo puoi tranquillamente buttare nel cestino, tanto è incomprensibile. Gli altri punti li fai intorno, nelle posizioni d'ascolto secondarie (i posti degli ospiti) se ci sono, altrimenti a formare un rettangolo intorno al punto 1. Col microfono rigorosamente su un cavalletto. L'ordine non è importante. Il calcolo della curva d'equalizzazione si può fare anche su di un punto solo, ma avere più punti (più informazioni) permette di fare una curva più accurata; perchè le letture dalla 2 alla 6 servono solo a quello, non calibrano i diffusori su delle postazioni d'ascolto, ma accumulano dati sugli echi e le risonanze della stanza.
Non ho sky, potrebbe essere un problema di settaggi. Il decoder è collegato sia con hdmi che ottico, giusto? Fai i controlli più banali, a volte ci si accorge di aver fatto qualche bischerata. Se ti parte il prologic vuol dire che riceve solo in stereo. Controlla di aver associato l'ottica giusta (ce ne sono due); controlla di aver messo lo spinotto ottico in un ingresso (armeggiando potresti aver messo il cavo nell'uscita). Guarda le impostazioni di sky, magari c'è qualcosa per l'uscita audio.
Poi non consco bene sky, sei sempre sicuro che le trasmissioni siano in 5.1?