Se il tuo hard disk è formattato in NTFS o nel formato per il MAC è ovvio che non te lo legge, ma un qualsiasi dispositivo (HD o pennina) formattato in FAT32 verrà letto tranquillamente (l'MTP riguarda lo streaming wireless/internet non la presa USB). Puoi anche comprartelo (da 1tb portatile), formattarlo e tenertelo come HD per le musiche (e backup) sempre collegato al Denon, poi ogni tanto lo aggiorni con le musiche nuove.
Tieni presente che il Denon x3000 come tutti gl altri sintoamplificatori ha già un DAC interno, che non sarà qualitativo come quello esterno ma che per l'uso normale va più che bene. Puoi già usarlo come fonte per i file musicali senza dover necessariamente usare un PC/Mac, se invece vuoi usare il mac mini come fonte basta che gli fai passare il segnale audio tramite l'HDMI, lo colleghi al Denon così che lo riceve, e poi con un altro cavo HDMI esci dal Denon e vai alla TV.
Mi auguro che tu inizi ad ascoltare in stereo una volta che avrai il finale, altrimenti è quasi tutta fatica sprecata. Le fonti sono fatte apposta per essere riprodotte con il numero di canali con cui sono registrate. Se hai una traccia stereo va ascoltata con lo stereo, se hai una traccia multicanale potrai ascoltarla in multicanale, altrimenti durante la conversione da stereo a Dolby perdi le informazioni spaziali e snaturi la fedeltà contenuta nella registrazione.
Poi tieni anche presente che una volta che avrai anche il pre, non potrai più fare il 5.1 ne' usare il subwoofer con le fonti che collegherai al pre. Essendo il sistema un PRE + Finale stereo. Forse visto le tue esigenze "particolari" potresti pensare di fermarti al finale, così che tu possa impostare dal denon la modalità di ascolto che preferisci.
Ti consiglio di iniziare dal finale, collegarlo ai front e poi valutare ad orecchio se può bastarti o meno. Anche perchè dovrai imparare ad usare anche il Denon x3000 che ha un sacco di funzioni e calibrazioni.