A pari cd, a pari campionamento, due files flac possono avere due dimensioni diverse in quanto il livello di compressione di un file Flac puo' variare. Ci sono diversi livelli di compressione (utilizzando un programma specifico di compressione flac di buon livello e' possibile scegliere il livello di compressione voluto), con i programmi standard viene utilizzato un livello intermedio.
Il livello di compressione, di per se', non modifica la qualita' del suono in quanto un file flac e' senza perdita, dal file flac e' possibile riottenere lo stesso file originale che l'ha prodotto, tuttavia penso che se un file e' piu' compresso di un altro file (a pari sorgente e a pari campionamento), l'unica differenza possa farla la CPU del pc, nel senso che se il file e' compresso ai massimi livelli consentiti dal protocollo di compressione flac, la CPU debba lavorare di piu' (ma con i moderni PC sovradimensionati penso che non ci siano problemi).
Ovviamente a pari tasso di compressione Flac, se due file di uno stesso pezzo hanno dimensioni diverse, significa che sono stati campionati a frequenze diverse.