se non hai problemi di rete, il poppy è a posto ed i mkv non sono fallati mi viene in mente solo qualche rarissima criticità del qnap, prova a farlo andare senza RAID 1 ovvero con 1 solo volume alla volta.
In ogni caso anche se il firmware è ok ti conviene lanciare lo "SMART esteso" su ciascuno dei 2 dischi per vedere che non abbiano problemi a qualche settore....(tieni conto che ci vogliono parecchie ore...)