Non esiste una regola per il gain del sub, di solito è consigliabile tenerlo a metà, ma non è una regola.
E' sempre meglio intervenire sul trim del pre per aggiustare il livello del sub, non è comunque sbagliato intervenire congiuntamente sul trim del pre e sul gain del sub, il tutto fatto col buon senso.
Per la fase è meglio fare qualche misurazione perchè la taratura è più difficile anche se in alcuni casi a orecchio si riesce a fare già un buon lavoro.
In generale quando il sub suona più forte la fase è corretta, nel dubbio conviene sempre lasciarla a 0.
Con poco più di una centinaia di euro ed un pc si riescono già ad acquistare strumenti ottimi per fare misurazioni anche molto sofisticate che a mio avviso sono il punto di partenza per riuscire ad avere un impianto ben tarato e di conseguenza ben suonante.