Finalmente ho capito
Ragazzi grazie a tutti per i vostri consigli, alla fine con il vostro aiuto e la perseveranza sono arrivato alla soluzione, che adesso sembra banale. La scrivo perchè possa essere utile a qualcuno che in futuro si imbatterà nello stesso problema.
La protezione HDCP a cui è soggetto il segnale che transita su HDMI fa si che se un segnale entra nell'ampli in HDMI deve per forza uscire in HDMI, questo prevale su altri collegamenti, escludendo quindi doppi collegamenti paralleli (es tramite RCA). Dall'apple TV collegato in HDMI all'ampli posso solo uscire con un segnale video e audio (da mandare a un altro amplificatore) in HDMI.
Avevo sospettato fin dall'inizio che potesse esserci lo zampino di questa protezione, la cosa che mi spiazzava era che nemmeno con un doppio collegamento la cosa funzionasse.
Ora ho Apple TV collegata in component all'ampli e audio via RCA e la cosa funziona, riesco a mandare il segnale anche alla zona 2 (gestita da un altro ampli). Solo entrando in HDMI si deve uscire in HDMI, ma se si entra in component o analogico che sia si può uscire in HDMI.