In un film girato in mare l'aspetto estetico delle navi ricopre un ruolo innegabilmente importante. In questo caso le imbarcazioni erano al centro di una vera attenzione dello spettatore, in quanto derivanti da vecchie leggende (l'Olandese Volante) o dal film precedente (la Perla Nera). Proprio per questo la produzione ha deciso di creare un mini reparto appositamente dedicato alla progettazione delle navi, convocando i molti professionisti che avevano collaborato con Peter Weir in Master & Commander - Sfida ai confini del mare. Il team era formato da 450 artisti, che comprendevano carpentieri, intonacatori, pittori, paesaggisti e scultori. Senza dimenticare gli addetti agli effetti visivi, che contestualmente alla reale costruzione delle imbarcazioni, hanno modellato al computer le navi in base alle informazioni fornite dagli ingegneri navali, per ricavare informazioni sulla stabilità in mare e sulla velocità massima consentita.

Nel primo film la Perla Nera era stata costruita direttamente su una chiatta, che ne limitava la grandezza e la manovrabilità. In questo caso la produzione ha deciso di costruire una nuova nave, assolutamente reale, partendo dalla Sunset, un natante lungo 30 metri utilizzato in passato dalle piattaforme petrolifere nel Golfo del Messico. Dopo otto mesi di lavoro la nuova Perla Nera era pronta a solcare le acque, simile all'omonima imbarcazione del primo film ma con qualche elemento ereditato dalla Sunset come i motori, le cisterne d'acqua e di petrolio, la cambusa e le cuccette.

Anche i numeri dell'Olandese Volante fanno davvero impressione. Lunga ben 50 metri, con 420 tonnellate di stazza, la nave è parzialmente ispirata agli antichi fluyt olandesi, vascelli del XVII secolo simili ai galeoni. In particolare la troupe si è ispirata al Vasa, un'enorme nave da guerra svedese affondata nel porto di Stoccolma durante il viaggio inaugurale nel 1628, recuperata nel 1961 ed attualmente in mostra in un museo della capitale svedese.