Le riprese sono iniziate nella Base dell'Aeronautica Militare di Holloman, sede della 49a Fighter Wing ad Alamogordo nel Nuovo Mexico. La troupe ha trascorso gran parte del tempo nel White Sands Missile Range, il luogo del test della prima bomba atomica. Il luogo scelto, ancora oggi utilizzato per l'addestramento delle truppe, ha portato non pochi problemi di sicurezza. La produzione ha dovuto infatti assumere la UXB International, una delle società più stimate che si occupa di eliminare gli ordigni esplosivi, di cercare mine inesplose e missili andati perduti.

"Abbiamo dovuto testare tutti i nostri esplosivi, e quando facevamo saltare in aria qualcosa, il personale del FOD [Foreign Object Debris] si assicurava che non restassero residui di alcun tipo" dice Ilt Jones, responsabile delle location. "Controllavano tutto, dalle frequenze radiofoniche dei nostri walk-talky ai membri della troupe che non erano cittadini americani. Dovevamo solo stare attenti che le riprese non interferissero con le loro operazioni giornaliere".

La compagnia si è trasferita quindi a Hoover Dam, meraviglia architettonica costruita fra il 1931 e il 1935 prima chiamata Boulder Dam. Situata al confine fra Arizona e Nevada, a circa 30 miglia da Las Vegas, la diga è una delle maggiori attrazioni turistiche degli Stati Uniti e nel film è stata utilizzata per imprigionare Megatron e per nascondere l'unità militare segreta Sector 7.

La lunga scena del combattimento finale è stata invece girata negli studi della Universal e, nell'arco di sei settimane, nelle strade di downtown Los Angeles. I vari dipartimenti di lavoro hanno trasformato queste strade simulando un vero e proprio Armageddon, accumulando macerie, costruendo grandi crateri sulle strade pubbliche, bruciando enormi cumuli di immondizia e capovolgendo un numero non indifferente di automobili.