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Ho trovato un prodotto che fa al caso mio: TSPE - Transport Stream Packet Editor
programma semplice da usare, e veloce nell'esecuzione.
Non fa una nuova elaborazione del file, e nemmeno crea un altro tipo di file.
Semplicemente copia il file selezionato, scrivendone un altro con la frame di inizio e quella di fine scelta da me.