L'argomento è incasinato. Questo perchè i renderer più recenti (VMR9 e EVR) hanno una loro gestione del VSync demandata alla GPU e relativi driver. Di conseguenza, l'utilizzo del VSync di Reclock (che è basato sulla CPU) può andare in conflitto con la gestione GPU di questi renderer.
Dipende anche dalla modalità di utilizzo del Renderer. Ricordo un post molto vecchio di Ciuchino che segnalava che il VSync di reclock funzionava bene con l'Overlay e il VMR9 Renderless/Exclusive, ma non con le altre modalità VMR9.
Da quando ci sono le funzioni Beliyiaal integrate in MPC-HC, io uso quelle (VSync e Accurate VSync on), insieme a Reclock senza VSync e tutto è molto fluido.
Puoi comunque provare.
Per quanto riguarda il Target VSync Position, occorre una spiegazione.
Il renderer tiene di solito due buffer contenenti l'ultimo e il penultimo frame. Mentre l'ultimo frame viene riprodotto a video, la GPU costruisce il frame successivo nel buffer dove c'era il penultimo. A un certo punto il renderer scambia i buffer (si chiama flip) e così il successivo diventa l'ultimo e l'ultimo diventa il penultimo, pronto a essere ricoperto da nuovo successivo, e così via.
Quando è attivato il VSync, il flip avviene durante il Vertical Blank, il periodo morto tra un refresh video e il successivo (quando Vsync dei driver della scheda video è off, invece, si possono avere più flip per ogni schermata di refresh; è utilizzato dai giochi ad alto fps).
Se il frame successivo non è ancora disponibile all'arrivo del Vertical Blank, il renderer non esegue il flip e il frame riprodotto rimane lo stesso. Se il frame successivo viene reso disponibile troppo a ridosso del Vertical Blank, il renderer a volte ce la fa e a volte no a fare il flip. Il risultato può essere due frame n eguali seguiti dal frame n+2, con l'n+1 mancante, o peggio. Risultato: stuttering (che è cosa diversa dal judder che è invece provocato dalla frequenza di refresh non multipla degli fps).
Lo stuttering quindi può verificarsi anche quando Reclock sincronizza fps e refresh video. Per evitare quest'altra sorgente di scattosità, Reclock ha previsto un VSync alternativo basato sulla CPU, il cui principio è:
1) prima trova dov'è il Vertical Blank
2) poi regola il rilascio del frame successivo il più lontano possibile dal Vertical Blank, cioè a metà strada tra due successivi Vertical Blank.
A questo serve il Target VSync Position. Le istruzioni per eseguire le operazioni 1 e 2 sono (in sintesi, ma ci sono vecchi post di Ciuchino che lo spiegano molto più in dettaglio):
1) scegliere dapprima la posizione sinistra; eseguire il Tearing test; spostare il cursore a destra finché si ha stuttering: questo è lo stuttering point (qui il rilascio del frame è a ridosso del Vertical Blank, con conseguente stuttering);
2) posizionare il cursore a mezza barra dallo stuttering point (a destra o a sinistra); bisogna immaginare che la barra sia un cerchio e non un segmento finito: ad esempio, se lo stuttering point è al centro, il cursore andrebbe posizionato ad uno qualunque degli estremi della barra; se lo stuttering point fosse a 1/4 il cursore andrebbe posizionato a 3/4, mentre se fosse a 3/4 andrebbe posizionato a 1/4.
Sono stato lungo
) 
Poi comunque anche a frequenza corretta Reclock allinea finemente la velocità audio e quindi la video . Non è poco neanche quello..