La versione "portable" essendo, appunto, portatile, la puoi mettere dove meglio ti aggrada.
Questo comunque vale anche per le versioni normali, le puoi installare in una qualsiasi directory, io, ad esempio, ho installata Kodi in una directory denominata "video" in cui ho appunto tutti i programmi dedicati a questo settore (così come ne ho una denominata "grafica", ecc.), cosa che si può fare con la stragrande maggioranza dei programmi di Windows.
Comunque su uno stesso PC si possono installare più versioni di Kodi (se ne è parlato molte volte anche qui), quindi puoi benissimo fare tutte le prove che vuoi, al limite, per sicurezza, puoi fare un backup delle librerie.
Dimenticavo: il mio annuncio circa l'uscita di una nuova versione non era una risposta alla tua domanda, ma, appunto, solo una informazione per tutti gli interessati a questo programma.