Non dovrebbe essere disabilitato , l'unica cosa che mi viene in mente e' che magari devi cambiargli settaggi ... posizione dimensione.
Avevo provato su XVID e DIVX , sembrava andare.
Poi dovrei avere il tuo stesso file e sequenza filtri in Ffdshow , come ti dicevo normalmente non uso il logokiller.
Prova magari ad abilitare solo il logokiller e a giocarci , tanto per vedere che funzioni.
Ciao
Antonio