Come ti accennavo sopra il 3980 non lo conosco molto ma, oltre al Host USB (che, come detto, è elemento per me non rinunciabile) vi sono anche altre differenze. Il 3980 ha un decoder Dolby Digital (AC3) integrato (anche se non mi è ben chiaro cosa questo comporti nella pratica visto che non ha poi le uscite discrete 5.1 ma solo l'uscita digitale coasiale e l'uscita RCA stereo), il 5990 no, ma è compatibile con il formato producendo un flusso stereo che contiene tutta l'informazione audio (downmix). In compenso il 5990 è compatibile anche con l'audio DTS (sempre downmix) mentre il 3980 non lo è. il 5990 ha anche l'uscita video composito, legge anche i file .wmv e .mp4 (attenzione però: estensione .mp4 ma codec Nero Digital in SD, niente a che vedere con i formati HD), da la posibilità di ripping audio in .mp3 dei CD musicali e (anche se si tratta di una specifica piuttosto inutile) è certificato anche DivX Pro (oltre che DivX ed Ultra-DivX ovviamente).
Altro punto che mi lascia perplesso del 3980 è la mancanza di qualsiasi indicazione, sia sul sito ufficiale sia da altre fonti (non ho però ancora letto il manuale operativo), circa la compatibilità con i sottotitoli esterni (.srt, .sub, .ssa, ecc...), indicazioni che invece sono ben presenti ed evidenziate per il 5990.
Altro punto certo è che per il 5990 esistono ottimi firmware moddati che ne migliorano sensibilmente (tanto, a mio avviso, da essere "irrinunciabili") le caratteristiche soprattutto nella fruizione dei file .avi (lettura nomi lunghi, gestione dei sottotitoli, funzione "Go-To", personalizzazione del telecomando con funzioni "alternative" a quelle presenti e maggiormente utili con i divx, utile soprattutto perchè i Philips -tutti- hanno telecomandi veramente ridotti all'osso come funzioni, ecc...), per il 3980 proprio non saprei se siano stati sviluppati FW "unofficial".
Per la seconda domanda ti basterà collegare l'ingresso "digital in" del tuo ampli all'uscita digitale coassiale del lettore e se l'ampli, come credo, ha il decoder integrato (anzi mi pare di rammentare che oltre al decoder Dolby Digital sia dotato anche di decoder DTS) il problema è risolto.