Temo che tutto ciò con la discussione su audyssey non c'azzecchi molto, visto che alla fine hai fatto il setup delle casse manualmente.
E' possibile che in qualche discussione hai letto che si suggeriva a qualcuno d fare il setup manuale ma questo era riferito ad un contesto specifico non è una cosa che vada bene sempre e comunque a tutti.
Nel tua caso hai una collezione di casse di marchi diversi è possibile che valori apparentemente elevati di attenuazione (i -9dB che citi) siano dovuti a differenze di sensibilità delle casse (chiarisco che non l'ho verificata per tutte, ho solo visto che le frontali hanno 92dB che è relativamente alta).
L'errore di fase che ti è stato segnalato, sempre che non sia reale, potrebbe essere dovuto ad una qualche riflessione ambientale è capitato anche a me, nel caso si può anche ignorare (o comunque provare la soluzione migliore).
La bi-amplificazione in questa fase potrebbe essere una inutile complicazione, io sarei partito dall' ABC, una connessione semplice, lasciando queste raffinatezze ad una seconda fase di messa a punto dell'impianto dopo avere ottenuto risultati già buoni.
La risposta all'unica vera domanda che poni è: il Denon riconosce se la sorgente è stereo o multicanale, per le multicanale (esempio dolby digital 5.1 e simili) dovrebbe auto impostarsi, per le stereo (tipicamente il TV) di norma ti ripropone l'ultima modalità con cui hai ascoltato quella sorgente.
Esempio: io ho una TV smart, quindi dalla sorgente "TV" mi può venire il segnale Netflix (5.1) o quello dei canali del digitale terrestre (stereo), che normalmente ascolto in stereo o multi channel stereo. In automatico mi riconosce il 5.1, mentre lo stereo verrà riprodotto secondo l'ultima impostazione memorizzata.
