Non so se sia questo il vostro caso... ma la differenza tra come viene trattato il segnale multicanale ed un cd sta "anche" potenzialmente da altre parti.
Nella maggior parte dei software di lettura dvd video (powerdvd o similari) si può in modo relativamente "facile" dire al lettore (o meglio.. al codec/driver) di "non fare nulla" e di passare lo stream audio direttamente all'uscita digitale.
Nel caso di riproduzione musicale il discorso sarebbe teoricamente lo stesso solo che spesso i software utilizzati non sono quelli "video" ma Media player o altri.
Alcuni di questi (tipo Windows Media Player) non sono proprio "user fiendly" nel potergli indicare quali codec usare e come settarli. capita quindi che usino i loro codec proprietari e che "provino" a fare qualche elaborazione del segnale.
Per esempio su WMP c'è inclusa la sezione SRS e Trubass che altera il segnale... e quand'anche questa sia disattivata non so (overo non credo ci sia una "garanzia" che il codec non faccia doppia conversione (dal digitale del cd ad un analogico e viceversa... oppure lasciar fare il viceversa alla scheda audio.
Quindi credo sarebbe utile fare delle verifiche per assicurarsi che il flusso PCM vada direttamente da CD all'uscita digitale della scheda.
Non sono così convinto che l'eleborazione digitale (leggere gli zero ed uno) sia "peggiore" su un HTPC che su un lettore dedicato... In fin dei conti per un PC la parte "zeri ed uno" è il suo pane quotidiano
Se il lettore o la meccanica o qualcos'altro si perdesse un po' di bit per strada.... nella lettura "dati" (che ha velocità di trasferimento ben maggiori di quella di un flusso audio o audio/video) ci sarebbero conseguenze serie ed errori continui. Cosa che invece accade solo sporadicamente.