La differenza la fanno la meccanica di lettura, la precisione del laser, il circuito di correzione degli errori ecc ecc.
Usando invece le uscite analogiche, entra in gioco anche il dac interno del cd player, oltre a tutto quello di cui sopra.
Se vuoi utilizzare la conversione dell'ampli, non credo sentiresti differenze con un lettore di fascia alta.
Diverso sarebbe se lo usassi con le uscite analogiche. Un cd di fascia alta generalmente ha uno stadio di conversione DA migliore dei dac interni degli integrati.