Per l'uso prevalente di HT sembra (ma stiamo parlando di "opinioni") che yamaha offra qualcosina in più di altri produttori (a parità di prezzo).
Dipende anche dalla tua "predisposizione" all'uso di effetti ed elaborazioni del segnale (DSP). In questo aspetto con il yamaha hai un'abbondanza (fino esagerata) di "giochini". Se invece li consideri gadget da cui rifuggire... allora credo che non ci sia una netta prevalenza di un marchio sull'altro.
Io ho un yamaha 757 che è quasi del tutto identico al 659 (vedi vari thread sull'argomento) e mi trovo bene.
Passare al modello "superiore" ovvero al 1600 credo che abbia senso solo se si è interessati alle funzioni di switch o upscaling video.
Però io condivido l'opinione di kaljeppo che, se possibile, il segnale video sia meglio farlo arrivare direttamente al display senza passaggi intermedi.
Per le casse io posso solo portare la mia personale esperienza e soddisfazione con le MonitorAudio serie Bronze.
Sono casse relativamente economiche e (a seconda dei modelli) di ingombro limitato.
Occhio che hanno appena sfornato la versione "nuova" (rispetto a quelle che ho io) aggiungendo al nome il termine "reference" e le sigle che prima erano B1 B2 B4 ecc... sono diventate BR1 BR2, ecc...
Lo dico perchè magari trovi qualcuno che ti vuol vendere le vecchie al prezzo delle nuove

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Se scegli (come credo) dei modelli da bookshelf (quelle non da pavimento) attenzione al posizionamento del "buco" del bass reflex.
Nel caso della serie bronze le B1 o BR1 (le più economiche) lo hanno posteriore mentre per le B2/BR2 è anteriore. Una delle differenze "pratiche" è che con il buco "posteriore" diventa un po' più difficoltoso il posizionamento perchè risulta molto rilevante la distanza posteriore dal muro.
In merito al 5.1 o 7.1:
Ormai praticamente tutti gli ampli della fascia a cui sei orientato sono 7.1 quindi non è un elemento molto rilevante per la scelta.
Io suggerirei di iniziare con un set di diffusori 5.1 ed eventualmente aggiungerne i due posteriori in seguito se lo ritieni utile (o quando si diffonderanno le tracce native in 7.1).
Un'ultima considerazione:
Io personalmente non ho un subwoofer (per scelta) e quindi nella scelta dei diffusori ho cercato di tenere in considerazione l'estensione in basso delle frequenze. Nel mio caso non sento per nulla la mancanza del sub, anzi!
Però è una questione di gusti personali, se ti piacciono gli effetti cinematografici di scoppi e terremoti... (e relativo "salto sulla sedia") allora vai col sub, altrimenti prova a considerare la sua esclusione ed il relativo reindirizzamento di quella parte di budget verso dei diffusori di migliore qualità.