Dal punto di vista del risultato finale (immagine scattata) le macchine appaiono alquanto simili, se non identiche, visto che impiegano la stessa componentistica - o quasi.
Il posizionamento è leggermente differente però: la D90 è una evoluzione dell'ottima D80, e quindi ha delle caratteristiche che la D5000 (fascia più consumer) non ha.
Tra queste, ad esempio, la D5000 non ha il motore interno per l'autofocus, e quindi non può pilotare obiettivi senza motore; cosa che invece fanno sia la D80 che la D90.
Lo schermo posteriore della D5000 ha meno risoluzione.
La D5000 non funziona (almeno credo, non sono sicuro) con i comandi remoti per lo scatto.
Inoltre non può funzionare come remote-commander per i flash evoluti.
Ha infine un mirino più piccolo.
Ha però il display ruotabile (c'è a chi serve o interessa), e quindi gli eventuali filmati potrebbero risultare più facili da realizzare.
Diciamo che se vieni dalla generazione D80, la scelta è obbligata secondo me verso la sorella maggiore.
Se vieni dalla fascia consumer (D40-D50-D60), allora la D5000 potrebbe essere la naturale evoluzione.