Il problema ora persiste anche se l'HDD è stato scollegato?
Suppongo che, poichè intendi intervenire tu stesso, tu sia ferrato in riparazioni elettroniche ad un certo livello nonchè pratico di dissaldatura e saldatura di chip SMD e, nel caso si trattasse di chip con elevato numero di pin, munito anche di stazione per il reballing.
Detto questo direi che devi procurati il manuale di servizio, prova a cercare in rete, onde verificare come è realizzata la parte relativa alle USB.
Può darsi si sia rovinato per sovraccarico il driver di quella porta per cui probabilmente è sufficiente sostituirlo, sempre che sia un prodotto reperibile in commercio e non un chip custom disponibile solo presso l'assistenza.
in altre parole, non per frenare i tuoi ardori, ma forse è meglio che tu ti rivolga ad un Centro Assistenza.
Ciao