Sei in grado di copiarti un blu-ray, creare un iso dallo stesso ed anche un mkv, togliendo lingue e menu che non ti servono, e non sai se mkv è un contenitore o no

. Capirai i miei dubbi...
Ad ogni modo, sì, mkv è un contenitore e riconvertire da mkv a iso non ha senso, né so come potresti, se parliamo di ricreare il menu di un semplice blu-ray per poterlo vedere con un lettore da tavolo; puoi tranquillamente masterizzarti l'mkv che hai ricavato creando un blu-ray dati (giusto per metterlo da parte come backup), se proprio ci tieni: le iso si utilizzano di solito per mantenere menu e tutti i contenuti originali creando quindi una copia 1:1 (con tutti i contro, in primis le dimensioni). Se non erro si possono creare anche ISO ibride, col video ricodificato, ciò permette di risparmiare spazio ma la qualità ne risentirà a seconda di quanta compressione verrà usata nella ricodifica.
Gli mkv ti consentono di remuxare un film escludendo le tracce che non ti interessano e aggiungendo anche altre tracce (es. aggiungendo audio con lingua diversa e/o sottotitoli non presenti nel disco), il tutto senza perdita di qualità. Alcuni per risparmiare ulteriormente spazio, ricodificano la traccia video originale e poi la inseriscono in un file mkv, in questo modo si può anche dimezzare (e anche più che dimezzare) le dimensioni finali del file rispetto al remux, ovviamente a discapito della qualità. La ricodifica prende molto tempo su pc non ottimizzati e se non si ha una minima dimestichezza coi parametri da utilizzare è tutto tranne che "trasparente" rispetto al video originale.
IMHO da un punto di vista dell'archiviazione/fruizione, è meglio utilizzare degli hard disk su cui riversare i remux mkv invece della masterizzazione ISO su dischi blu-ray, ciò consente una flessibilità maggiore: coi dischi, una volta masterizzati, non puoi tornare indietro e dovrai per forza di cose utilizzare un lettore ottico, mentre con gli hard disk puoi sempre sostituire un film con una nuova edizione, cancellarlo, spostarlo, vederlo in modi diversi (tramite nas, tramite bay usb, ecc.). C'è chi utilizza in questo modo anche le ISO, evitando di masterizzarle, e utilizzando per la riproduzione un software che consenta di navigare nei menu come un lettore blu-ray da tavolo.