Risposta breve: meglio la Nikon.
Risposta media:
Io ho preso una d5300 con 18-140, che costa quasi il doppio della 3300 con 18-55, ma fa le stesse foto. Per dire che le valutazioni cambiano a seconda delle proprie esigenze. La 100d l'avevo considerata, anche perchè ho qualche accessorio Canon, ma alla fine sono andato su Nikon per la migliore resa nel video, ad alti ISO e perchè avendo provato il 18-140 in kit su una d7100 mi aveva convinto.
Provo ad elencarti qualche vantaggio-svantaggio, più che altro per farti capire che non esiste il "meglio" in assoluto:
Ottiche:
a) Vuoi restare con quella in kit, più magari un 55-250 f 3.5-5.6. Cambia poco, il kit di base è migliore nelle Nikon, ma neanche gli STM son male;
b) Vuoi integrare con dei fissi luminosi, tipo 50 od 85 f 1.8. Cambia poco, con Nikon hai anche un ottimo 35 f1.8 economico;
c) Punti ad uno zoom di qualità e relativamente luminoso, tipo il 17/50 f 2.8. Il Canon costa molto meno ed è stabilizzato.
Ergonomia:
La Canon è un pò più piccola, ma poi quando cominci a montare le lenti non è che cambi molto. La Canon ha il touch screen.
Qualità delle foto:
Sono buone tutte e due, la Nikon rende meglio agli alti ISO.
Modo video:
La Nikon vince come resa (confronto con la Canon 60D che ho avuto), la Canon come manualità.
Se ti interessa il video non reputo comodo il 18-55 Nikon in kit, perchè non è possibile passare dal fuoco auomatico a quello manuale senza spostare il selettore, cosa che invece si fa con le STM e con i 18/105 e 18/140 Nikon. L'AF si può usare per la prima messa a fuoco, per cambiare mentre si riprende si deve andare in manuale.
Risposta lunga:
Vedi qui, hai anche il confronto diretto:
http://www.cameralabs.com/reviews/Nikon_D3300/index.shtml
Ciao