Devi capire se il disturbo (elettrico) proviene dall'esterno. A volume (del sub) basso, con il resto dell'impianto spento, prova a staccare il cavetto del segnale ed aumentare lentamente il volume per vedere se ricompare. Spero che staccando il cavetto non entri in gioco un ronzio, ma credo che già questa prova potrebbe dare delle indicazioni.
Una altra possibilità è che il disturbo arrivi tramite la rete elettrica ma in questo caso dovrebbe dare fastidio anche ad altre apparecchiature eventualmente anche in altri punti della casa.
Il manuale di istruzioni (troubleshoting) ipotizza - in generale non in relazione a questo disturbo in particolare - che se il sub va in protezione potrebbe ciclare nello stato acceso / spento (credo più propriamente acceso / standby) finche le condizioni (esempio: temperatura) non si stabilizzano. Googlando con "velodyne clicking noise" escono diverse discussioni che fanno rifrimento a questa come una delle possibili cause.