A rigor di logica sarebbe meglio avere il sub non incassato pero' ci sono molte installazioni con il sub incassato e va tutto bene.
Ovviamente se il mobile "risuona" per le vibrazioni potrebbe essere fastidioso ma dubito che non risuonerebbe se il sub fosse accanto e non "dentro".
Pero', come ripeto, devi provare per sapere come si comporta, i sub possono essere "imprevedibili"