Audio/SD/HD e passaggio a formati liquidi: quali?

Sto progettando il ripping della mia collezione audio e video per costituirmi un archivio digitalizzato di CD, DVD e BluRay ma prima di iniziare il lavoro ed evitare di prendere una strada sbagliata volevo capire meglio quali sono i formati "liquidi" sui quali puntare e quali i migliori strumenti per eseguire la conversione.

Come premessa c'è da considerare che lavoro esclusivamente su linux, quindi l'assoluta precedenza va ad applicazioni disponibili in formato nativo per questo sistema e solo in subordine applicazioni windows da far girare sotto wine o virtualbox.

Altra premessa è che quello che mi interessa è mantenere la massima qualità, possibilmente quella del materiale originale. Quindi prevalenza a formati non compressi o a bassa perdita. Lo spazio non costituisce un problema.

AUDIO
Qui è facile, ho solo CD (niente SACD e DVDA) ed il formato principe in questo caso è il FLAC. Il punto critico è la fase di estrazione e per questo utilizzo "grip" che è in grado di sfruttare le caratteristiche di "cdparanoia" per ottenere una flusso di dati per quanto possibile bit-perfect in modo molto simile a quanto fa EAC. Per le eventuali conversioni verso MP3 e OGG mi servo di lame e librerie vorbis con configurazioni volte a mantenere la massima qualità di conversione.

VIDEO
Qui sono più scoperto, ho appena messo a fuoco la distinzione tra contenitore (avi, mkv ecc...) e codec (xvid, mpeg, h264, ac3 ecc ...).

Quali sono i formati migliori per avere in un solo file solo la parte che interessa di un DVD o BD originale (ad esempio solo film e lingua italiana) mantenendo la qualità dell'originale?

Per i DVD per il momento sto provando ad ottenere delle immagini ISO ridotte con k9copy, contenenti solo i titoli e le tracce audio che mi interessano.

Per i bluray mi pare il formato più gettonato sia mkv, che forse va bene anche per i dvd ...

Ci sono delle guide su questo argomento? O esperienze di chi ha già operato la conversione della propria collezione?