gestione mkv e conversione

Ciao a tutti

volevo un vs. parere sulla gestione dei file mkv e come poterli archiviare. Possiedo un pc collegato alla ps3 via ethernet e godo ottimamente della visione dei file mkv. Purtroppo lo spazio di 6 tera è quasi al limite così molti li ho archiviati con il fantastico mkv2vob ma altri per pochi mb non entrano in un dvd5. Ho provato molti sw di riconversione, il migliore è handbrake, ma con molti mkv faglia, nel senso che non li converte. Chiedo quindi a voi un'alternativa valida.

Saluti,
Francesco