problema con un mux

Ho un video hd dentro container mkv, voglio aggiungerci una traccia audio presa dallo stesso video a risoluzione diversa, il problema è che le due tracce pur avendo la stessa durata non sono identiche nel senso che in quella hd dal nero alla prima immagine passano 13 secondi mentre in quella in sd ne passano 7 tanto basta per mandare l'audio fuori sincrono nel file muxato.
Ho provato anche a impostare il delay ma si tratta pur sempre di un delay troppo alto e anche se fino alla metà del video l'audio è sincronizzato, alla fine perde il sincro.

Allora mi è venuta un'idea, tagliare i primi 6 secondi del video hd in modo da metterlo in pari con l'audio di quello sd, il fatto è che il programma che uso, cioè mkv merge non permette di tagliare al di fuori dei keyframe per cui un taglio preciso è impossibile, così come è impossibile trovare un keyframe comune a tutti e due i file.

c'è un programma che permette di tagliare un mkv anche al di fuori dei keyframe?
ho altre alternative per risolvere questo mio problema?

ho risolto in questa maniera: ho messo a confronto i due file con avidemux non solo nelle scene iniziali ma anche a metà e alla fine, ho notato che il delay aumenta progressivamente (per questo il delay che avevo impostato all'inizio rendeva sincronizzato l'audio col video solo fino a metà film) allora ho annotato la differenza di tempo tra scene identiche all'inizio e nel punto in cui cambia considerevolmente poi ho muxato audio dell'mkv sd col video dell'mkv hd dicendo a mkvmerge di splittare il file in corrispondenza di quest'ultimo punto senza impostare nessun delay.
Ho riaperto i file e li ho salvati impostando i valori di delay giusti poi li ho muxati.
la sincronizzazione audio video non è perfetta, sopratutto nella prima parte dove sono stato costretto a mettere un valore intermedio tra quelli riscontrati ma perlomeno il filmato è vedibile.