HDD Emtec Movie Cube Q100 Alta definizione... Come convertire i file?

Salve ragazzi... Spero che possiate risolvere questo mio quesito:
Ho da poco acquistato un HDD multimediale. Si tratta dell' Emtec Moviecube Q100, che supporta i seguenti formati Video: MPEG 1, 2 & 4, AVI, IFO, VOB, DAT, DIVX, XVID / HDTV.
Come da carettistiche supporta l'alta definizione, infatti io c'è l'ho collegato in component e mi upscala a 720p perfettamente al mio lcd...
La mia domanda è questa: Come devo convertire i file in alta definizione in mio possesso (tipo mkv o Iso) per farli vedere all' apparecchio, senza farli perdere le carattestiche da "Alta Definizione"? Che programma mi consigliate? Garzie a tutti...